De belangrijkste shinto heiligdommen zijn te vinden bij de stad Ise. Het complex heet Ise-jingu en hier wordt sinds mensenheugenis het shintoïsme beleden. De hoofdpriesteres was vroeger een ongetrouwde of eigenlijk maagdelijk vrouwelijk lid van het keizerlijk huis, liefst een van de zussen van de keizer.

Rond de vijfde eeuw is het boeddhisme in Japan geïntroduceerd. Dit geloof kwam van oorsprong uit India maar heeft via China en Korea Japan bereikt. Na de introductie veroorzaakte het boeddhisme een fikse strijd. De vele shinto priesters zagen een bedreiging voor hun positie.

Het boeddhisme won echter als snel aan invloed maar heeft het shintoïsme nooit verdreven. Tot aan vandaag de dag hebben de twee geloven naast elkaar een plaats in het Japanse leven. Ceremonies omtrent leven en dood worden vooral begeleid door boeddhistische gebruiken. Maar huwelijken zijn bijvoorbeeld weer in de shinto tradities.

Daarnaast is het boeddhisme uiteindelijk ook in Japan veranderd tot een eigen vorm, net als dat in veel ander Aziatische landen is gebeurd. Al vroeg werd het geheel Japanse Zenboeddhisme ontwikkeld dat sterk leunt op meditatie en geformaliseerde ceremonies. Het Zenboeddhisme heeft ook grote invloed gehad op allerlei gebieden binnen de Japanse cultuur. De bij velen bekende grindtuin van Ryoanji is een zentuin en de vele gestileerde tempels en paviljoens in de heuvels van Kyoto zijn onderdeel van zenkloosters.

Naast de hoofdgodsdiensten is er een kleine groep Japanners die het christelijke geloof aanhangen. Bij sommige families gaat dit terug naar de 16de en 17de eeuw toen de Portugezen en de Spanjaarden hun handel met Japan ook gebruikten voor missiewerk. Na het verbannen van deze handelaren zijn de door hen bekeerde Japanners gedurende een aantal eeuwen vervolgd. Japanners die werden verdacht van het christelijke geloof werden verplicht het af te zweren op straffe van de doodstraf. Maar in het geheim werd het christelijke geloof toch in stand gehouden door een kleine groep.

Het boeddhisme heeft altijd al uit verschillende scholen of richtingen bestaan en juist in de afgelopen tientallen jaren zijn er een aantal nieuwe scholen opgericht. Deze nieuwe godsdiensten hebben miljoenen, vaak jonge volgelingen en hebben hun werkterrein naar het westen verlegd. Ook in Nederland zijn enkele vestigingen van de Japanse Shinrikyu of nieuwe kerken.