In 2005 opende het museum haar deuren. Naast tijdelijke tentoonstellingen met uiteenlopende Japan-gerelateerde onderwerpen biedt het SieboldHuis met de vaste Siebold-collectie het mooiste uit het oude en nieuwe Japan. Prenten, lakwerk, keramiek, fossielen, herbaria, geprepareerde dieren, munten, kleding, oude landkaarten en honderden andere schatten. Alles is tussen 1823 en 1829 in Japan verzameld door de arts Philipp Franz von Siebold. Deze voorwerpen komen uit de collecties van Naturalis Biodiversity Center, Wereldmuseum Leiden en de Universiteit Leiden.

De oprichting van Japanmuseum SieboldHuis is te danken aan giften van het Nederlandse Ministerie van Economische Zaken en het Japanse Ministerie van Buitenlandse Zaken, van de gemeente Leiden en het Nederlandse en Japanse bedrijfsleven, waaronder de JCC. Daarnaast nemen Naturalis Biodiversity Center en Wereldmuseum Leiden deel in de totstandkoming van het huis op basis van hun toonaangevende Japanse collectie.

De Leidse Siebold Collectie
De Universiteit Leiden heeft een nauwe band met Japanmuseum SieboldHuis, mede door de Opleiding Talen en Culturen van Japan en de omvangrijke Japanse collecties bij de verschillende universitaire instituten. Net als bij de musea is een groot deel hiervan direct afkomstig uit de verzameling die door Siebold in Japan is aangelegd of later door hem is bijeengebracht. De etnografische voorwerpen in Japanmuseum SieboldHuis zijn afkomstig uit de collectie van Wereldmuseum Leiden. Wereldmuseum Leiden heeft zijn gehele collectie digitaal beschikbaar gesteld via hun website. De flora- en fauna objecten zijn afkomstig van Naturalis Biodiversity Center. De (rijks)collectie van Naturalis is uitgegroeid tot een verzameling van ruim 40 miljoen objecten en is de basis voor onderzoek naar wereldwijde biodiversiteit en geologie. De Naturalis collectie behoort tot de top 5 van natuurhistorische collecties wereldwijd. Deze collectie is ook online te bekijken.

De Japanmuseum SieboldHuis Collectie
Japanmuseum SieboldHuis heeft een groeiende collectie van ruim 500 Japanse prenten, schilderingen en foto's. De Japanmuseum SieboldHuis Collectie is ontstaan door schenkingen uit privécollecties. Mocht u overwegen uw prenten- of schilderingen collectie te schenken dan kunt contact opnemen met de directeur van het museum via info@sieboldhuis.org.

Heden

In het historische Hollandse herenhuis aan het Rapenburg zijn naast Japanmuseum SieboldHuis andere partijen gevestigd.

• Hotei Japanese Prints
  Hotei Japanese Prints is een galerie en kunsthandel op de 1e verdieping van het museum. Naast Japanse prenten, scrolls en boeken is er ook keramieke objecten, bronzen vazen, cloisonné en lakwerk te koop. Lees meer...

• Liaison Office Universiteit van Nagasaki
  Op de tweede verdieping van het museum heeft de Universiteit van Nagasaki een Liaison Office in Japanmuseum SieboldHuis.
  Lees meer...

Japanmuseum SieboldHuis heeft samenwerking- en vriendschapsbanden met:

• Sieboldmuseum, Würzburg, Duitsland
• Siebold Memorial Museum, Nagasaki, Japan
• Dejima, Nagasaki, Japan
• Tsuyama Archives of Western Learning, Tsuyama, Japan
• Mogami Tokunai Memorial Museum, Murayama, Japan
• Tikotin Museum of Japanese Art, Haifa, Israel
• Het nieuwe Nederlands-Japanse Woordenboek

Verleden

Het pand op het Rapenburg nummer 19 beslaat sinds de vroege 16e eeuw het huidige perceel dat bestaat uit een samenvoeging van vier woningen die er vanaf de late 15e eeuw hebben gestaan.

De vroegst bekende bewoner van het huis is Paulus Buys, (1531-1594) die een vooraanstaande rol speelde in de tachtigjarige oorlog. Hij was Pensionaris van Leiden en stond destijds in nauw contact met Willem van Oranje; hij was voor korte tijd lid van de Raad van State en eveneens hoogheemraad van Rijnland en Curator van de Leidse Universiteit. Hij gold als een van de 18 "alderijcste" burgers van de stad Leiden. Het huis werd in de jaren na Buys bewoond door welgestelde Vlaamse kooplui, onder wie Daniël van der Meulen (1554-1600), die nauw betrokken was bij de nieuwbouw van het Leidse stadhuis en ook bevriend was met de Prins van Oranje.

De volgende periode zag de familie Paets als bewoners van het pand. Deze vooraanstaande familie heeft drie generaties lang in het pand gewoond en elke generatie was op een bepaalde manier betrokken in de plaatselijke politiek. Burgemeester Willem Paets (1596-1669) gaf de opdracht voor de bouw van de classicistische achtergevel, die waarschijnlijk is ontworpen door Arent van 's Gravensande, die ook het ontwerp leverde voor de Lakenhal in Leiden.

De schatrijke koopman Johannes van Bergen van der Grijp (1713-1784), voormalig hoofd - administrateur van de Nederlandse regering in Batavia, is verantwoordelijk voor de verbouwing van de voorgevel van het pand in de tweede helft van de 18e eeuw tot de huidige staat. Het huis moest toen ingrijpend worden aangepast voor het nieuwe bordes en souterain.

Het opvallende plafond in de Panoramakamer is een ontwerp van de Engelsman James Wyatt (1748-1813), de meest gevierde architect in Engeland in het laatste kwart van de 18e eeuw. Werken van Wyatt zijn zelden te vinden buiten Engeland: het ontwerp van dit plafond is met zekerheid aan hem toe te schrijven door de correspondentie gevoerd met de toenmalige bewoner van het pand, Johannes Meerman (1753-1815), die er slechts kort woonde. De naam van deze belezen heer die door koning Lodewijk Napoleon was benoemd tot Directeur-Generaal der Wetenschappen en Kunsten, leeft voort in de naam van het museum Meermanno-Westreenianum, waar het grootste gedeelte van zijn privé-bibliotheek zich bevindt.

De volgende eigenaresse verhuurde het huis aan de uit Duitsland afkomstige, in Nederlandse dienst werkzame arts Philipp Franz von Siebold (1796-1866). Siebold woonde zelf maar heel kort in het huis en gebruikte na overname van de eigenaresse het pand om zijn indrukwekkende verzameling Japanse curiosa ten toon te stellen voor het publiek. Zelf woonde hij gedurende een deel van het jaar in Huize Nippon aan de Lage Rijndijk te Leiden, en voor een ander deel van het jaar in Duitsland.

Hij verhuurde het van 1837 tot 1844 aan de studentensociëteit Minerva, dat uiteindelijk verhuisde vanwege ruimtegebrek. Hij verhuurde daarna het pand aan een Duitse collega, de hoogleraar in de Botanie Caspar George Carel Reinwardt. (1773-1854)

De laatste particuliere eigenaar van het pand was Petrus de Raadt (1796-1862), de stichter van instituut Noorthey in Voorschoten. Na diens overlijden in 1862 kwam het huis aan de Staat der Nederlanden, die er de arrondissementsrechtbank en het kantongerecht in vestigde.